STAP細胞の懐疑点 PART531

1 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:02:44.82 .net

疑問点・矛盾点を挙げつつ、建設的な議論を心がけていきましょう。
捏造・擁護煽り、レスの無駄遣いコピペ、中傷は厳禁。
次スレは「>>600」以降に立ててください。

過去スレ
STAP細胞の懐疑点 PART5 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405229656
「STAP細胞の懐疑点」に関するテンプレ・スレッド
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/

2 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:05:02.18 .net

>>1
あ、
過去スレ
STAP細胞の懐疑点 PART530 ね
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405229656

3 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:13:43.36 .net

【竹市雅俊 CDBセンター長、調査報告の一部を削除】
ＳＴＡＰ論文問題　調査報告の一部削除　竹市センター長「推測発言を整理」
http://mainichi.jp/shimen/news/20140708ddm041040042000c.html
毎日新聞記事（全文）

ＳＴＡＰ細胞論文問題で、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター
（ＣＤＢ、神戸市）の竹市雅俊センター長が今年４月、理研改革委員会
（解散）にＣＤＢの内部調査結果を報告した際、「信頼性がないと私が
判断した（職員らの）発言や資料は削除した」と述べていたことが分かった。
改革委の元委員によると、削除された発言内容などは不明だが、センター長の
姿勢が問題視され、センターをいったん解体すべきだという厳しい提言（６月１２日）につながったという。

　竹市センター長によると、論文不正の調査が行われていた今年３月半ばから
竹市センター長らＣＤＢ幹部が自己点検チームを作り、小保方晴子・
研究ユニットリーダーの採用の経緯などの調査を始めた。調査内容を検証して
もらう目的で、竹市センター長が４月８日、外部識者４人らによる「自己点検検証委員会」を設置した。
検証委は、自己点検チームが収集、整理した資料をもとにチームと討議しながら報告書を作成した。

　改革委は６月１０日、検証委の報告書を受け取り理研改革の提言をまとめた。
改革委の元委員によると、４月３０日、竹市センター長が改革委に初出席し、
作成中の検証委報告書について説明。この際、「関係者の発言であっても推測は
消すべきだ。私が整理して危ないと思うところは全部デリーション（削除）した」
と述べた。委員から異論が出たが、竹市センター長は姿勢を変えなかったという。
竹市センター長は毎日新聞の取材に発言を認め、「私が報告書を手直しすべきではない
との認識はあったが、正確さを第一として私の判断で削除した。後から検証委の
外部委員に説明し、再調査してもらった部分もある」と説明した。
一方で竹市センター長は証言の一部が伏せられたままになっていることを
認めた。改革委の委員だった竹岡八重子弁護士は「自己点検チームが集めた発言
や資料がセンター長の独自の判断で削除され、何が集められたか今も明らかに
なっていないのは問題だ」と話している。　　【根本毅】

4 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:14:20.12 .net

【野依理事長ら理研幹部、遠藤氏や若山氏の解析結果公表に圧力】
白紙・ＳＴＡＰ論文:／１　データ解析、結果公表に圧力　募る不信、理研を断罪　改革委「軟着陸」許さず
(1 of 2)
http://mainichi.jp/shimen/news/20140703ddm041040134000c.html
毎日新聞　2014年07月03日
　６月６日正午ごろ、ＳＴＡＰ細胞の論文不正を受け、理化学研究所改革を検討する改革委員会の委員が、１本のメールを発信した。
「２人を委員会に正式に招へいするというのはいかがでしょうか」
　宛先は委員会の他のメンバー。「２人」とは、遠藤高帆（たかほ）・理研上級研究員と若山照彦・山梨大教授。２人はＳＴＡＰ細胞
の存在にかかわる解析をしていたが、結果は発表されていなかった。メールには「論文の内容を揺るがす結果を共有して提言する姿勢
が大事だ」とあった。提言書をまとめる最終会合は６日後に迫っていた。

　遠藤氏は、ウェブ上に公開されたＳＴＡＰ細胞の遺伝子データを解析し、ＳＴＡＰ細胞が胚性幹細胞（ＥＳ細胞）だった可能性があ
るとの結論をまとめていた。若山氏は、ＳＴＡＰ細胞から作った細胞の解析を第三者機関に依頼、「ＳＴＡＰ細胞用に準備したマウス
由来ではない」との結果を得ていた。これらの結果は、毎日新聞など一部メディアが報じたが、理研から改革委に正式な説明はなかっ
た。さらに、理研はこれらの公表に横やりを入れていた。

　遠藤氏は、解析結果の論文発表を計画し５月２２日に理研本部へ報告した。しかし、本部は理研内の研究者組織「科学者会議」と
議論してから投稿するよう求めた。研究者の論文投稿に条件を付けるのは極めて異例だ。

　若山氏は６月３日、野依良治理事長ら幹部約３０人が並ぶ理研改革推進本部の会合で解析結果を報告し、早期の公表を希望した。だ
が幹部らは「発表は早すぎる」と口々に難色を示し、野依理事長もそれに同意。押し問答の末、理研発生・再生科学総合研究センター
（ＣＤＢ）が結果を確かめるまで公表しないことが決まった。

　「２人の解析結果公表に圧力がかかった」との情報を得た改革委委員が送ったのが、冒頭のメールだった。２人は６月１２日の最終
会合に招かれ、解析結果は提言書に盛り込まれた。ある委員は「委員会に呼び、結果を表に出さなければならないと思った」と明かす。

5 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:15:03.52 .net

【改革委による残存試料解析・不正全容調査の要求を理研本部・CDBは拒否】
白紙・ＳＴＡＰ論文:／１　データ解析、結果公表に圧力　募る不信、理研を断罪　改革委「軟着陸」許さず
(2 of 2)
http://mainichi.jp/shimen/news/20140703ddm041040134000c.html
毎日新聞　2014年07月03日　東京朝刊

　理研は４月、改革委メンバーに独立行政法人の前理事長、分子生物学の研究者、弁護士ら６人の外部識者を選んだ。委員の多くは
「当初は組織改編まで踏み込むつもりはなかった」と振り返る。理研をよく知る官僚も「ソフトランディング（軟着陸）の結論になる
だろう」とみていた。

　だが、ＣＤＢの竹市雅俊センター長がＳＴＡＰ研究の残存試料などの解析に消極的な姿勢を譲らず、理研本部も論文全体の疑義の調
査を拒み続けた。委員の求めで配布した資料を事務方が回収しようとして、委員の反発を招いたこともあった。「どんな不正が起きた
か分からない限り、改革案など作れない」という改革委の不信感は募り、５月上旬以降、理研の職員を排除して委員だけが非公式に集
まる機会が増えた。

　委員の一人は６月上旬、取材にこう漏らした。「改革委と理研のそりが合わなくなっている。理研がなぜ（情報を隠そうとするなど）
後で非難されることをするのか分からない」

　最終会合でまとめた提言書はその日のうちに発表された。そこにも「発表を後日にすると、理研が内容に口出しする恐れがある」と
いう改革委の不信があった。「ＣＤＢ解体」を含む理研の抜本的改革を迫る結論は理研や文部科学省を驚かせた。

　理研が重い腰を上げたのは３０日。残された疑義の調査を始めるとの広報文を発表したのだ。改革委委員だった市川家国（いえくに）・
信州大特任教授は「再発防止のために徹底した調査を望むが、内々で進めるべきではない。どのように調査するかを明らかにし、批判
があれば謙虚に受け止めるべきだ」と注文をつけた。

　　　◇

　英科学誌ネイチャーがＳＴＡＰ細胞論文の撤回を発表した。世界に称賛された論文に、なぜ不正は生まれたのか。理研は変わるのか。
論文不正の背景を探る。＝つづく

6 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:15:34.26 .net

[CDB有志からのリークが報道された直後に理研理事から全役職員に向けて発せられたメッセージ]
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1401713853/166
166 ：名無しゲノムのクローンさん ：2014/06/02(月) 23:40:20.05
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　平成 26 年 5 月 27 日
役職員各位　　　　　　　　　　　　　　　総務担当理事　最高情報セキュリティ責任者
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　古 屋 輝 夫
　　　　　　　　　　　　　職務に関わる情報の取り扱いについて

　今般のSTAP細胞論文の問題に関する報道やインターネット上において、公表
されていない重要な情報が所定の手続きを経ることなく所外に出ているのでは
ないかと思われる記述が見受けられます。この状況は極めて遺憾であり、業務
の円滑な遂行を妨げるだけでなく、研究所の信用を著しく傷つけることにもな
りかねません。
　STAP細胞論文の問題に限らず、研究所の役職員は、法律や諸規定により秘密
保持義務が課せられているとともに、これには罰則規定があることも再認識し、
業務に精励されるよう改めて周知いたします。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　以 上
参考：
○独立行政法人理化学研究所法 (平成 14 年 12 月 13 日法律第 160 号)
[...中略...]
第 15 条 研究所の役員及び職員は、刑法(明治 40 年法律第 45 号)その他の罰
則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
第 23 条 第 14 条の規定に違反して秘密を漏らし、又は盗用した者は、1 年以下
の懲役又は30 万円以下の罰金に処する。
○定年制職員就業規程（平成 15 年 10 月 1 日規程第 33 号）
[...中略...]
第 54 条 定年制職員が次の各号の一に該当するときは、譴責、減給、出勤停止、
昇給停止若しくは制限又は役職剥奪若しくは降格に処する。
(7) 研究所の重大な秘密情報等を所外に漏らし、又は漏らそうとしたとき。
[...後略…]

7 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:16:06.48 .net

【ネイチャー ＳＴＡＰ論文を正式取り下げ】
7月2日 19時21分
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140702/t10015695671000.html
http://megalodon.jp/2014-0703-1702-09/www3.nhk.or.jp/news/html/20140702/t10015695671000.html
...
> 正式に取り下げられたのは、理化学研究所の小保方リーダーらが科学雑誌「ネイチャー」に発表した「ａｒｔｉｃｌｅ（アーティクル）」と呼ばれる論文と
> 「ｌｅｔｔｅｒ（レター）」と呼ばれる論文の２本です。このうち、ＳＴＡＰ細胞の作製方法などを示した「ａｒｔｉｃｌｅ」については、ことし４月、理
> 化学研究所の調査委員会が画像のねつ造などの不正があったと認定し、小保方リーダーらに論文の取り下げを勧告していました。
> また、細胞の万能性を説明した「ｌｅｔｔｅｒ」についても、実験には使われていないはずの２種類の細胞がデータから見つかり、それぞれ万能細胞の一種、
> ＥＳ細胞と胎盤を作るＴＳ細胞と似ているなど新たな疑義が次々と指摘されました。
> 論文の取り下げは２日午後７時ごろ、ネイチャーのホームページで発表されたもので、著者から複数の深刻な間違いが見つかったと申告があったことを明ら
> かにしています。
...
> 「不正理由の取り下げは科学界での信用失う」
> 論文は取り下げられても、インターネット上にある世界的なデータベースで「取り下げ」のマークが付けられ、その理由とともに公開され続けます。
> このデータベース上で取り下げられた論文は、これまでにおよそ３２００本に上ります。
> 研究不正に詳しい愛知淑徳大学の山崎茂明教授によりますと、不正が理由で論文を取り下げた研究者の多くが、その後、論文を発表することなく、研究の世
> 界から去って行ったとみられるということで、取り下げは研究者にとって極めて厳しい結果を意味します。
> 山崎教授は「論文取り下げの理由が不正によるものであれば、研究者は科学界での信用を失い、資金が得られなくなって研究が続けられなくなる。ところが、
> 理化学研究所は今回、認定された不正以外にも多くの疑義が指摘されている小保方リーダーに何ら疑義についての説明をさせないまま、検証実験に参加させ
> るなど、考えられない対応をしている」と指摘しています。

8 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:16:40.48 .net

【Nature論文撤回理由書、自爆?】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/347
347 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/03(木) 21:28:55.78
　　http://www.nature.com/nature/journal/v511/n7507/full/nature13599.html
　　↑の撤回理由書の
　　>
　　> (4) In Fig. 4b of the Letter, STAP cell and ES cell are wrongly labelled in a reverse manner.
　　>
　　の部分。
　　これって STAP 細胞に 8 トリソミーが見つかっちゃったから (http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/9, http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/12)
　　あわてて「それはES細胞だった」っていってるってことだよね?
　　些細な人無様過ぎ吹いたw
　　墓穴堀まくりw

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/362
362 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/03(木) 21:43:54.60
　　些細な人、もうちょっとちゃんと日経サイエンスよめや。wwwwトリソミーはChIP-seqデータじゃね
　　えよ。。。RNA-seqから判明したんだ。ChIP-seqはまともだよ。やっぱこいつデータに関心ねーんだな。
　　ヒゲアキと同類だわwwwww
　　撤回理由のcorrectionを出せよ。
　　改革委員会の提言は斜め読むわ、撤回理由もいい加減だわ、何だこいつら？もうちょっとまじめに取り下げろや。

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/371
371 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/03(木) 21:51:32.96
　　NGS解析は笹井研時代の話だというwww (http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/22-23)
　　些細な人www オワタwww

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/377
377 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/03(木) 21:55:18.27
　　自ら ChIP-seq データの疑義を自白する些細な人w
　　ChIP-seq も RNAseq も STAP細胞 = ES細胞疑惑を示唆ということで
　　リアルフェノメナン崩壊

9 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:17:12.15 .net

【ＳＴＡＰ論文:ネイチャーの論文撤回理由　若山氏が修正】毎日新聞　2014年07月11日　06時20分
http://mainichi.jp/select/news/20140711k0000m040146000c.html
> 　ＳＴＡＰ細胞論文の不正問題で、責任著者の一人の若山照彦・山梨大教授が、英ネイチャー誌のウェブサイトに
> ７月２日に掲載された論文撤回理由について、掲載直前に内容を修正していたことが分かった。若山教授の研究室
> に残っていたＳＴＡＰ幹細胞について「若山研究室になかったマウスに由来する」との記述を削除した。若山教授
> は６月１６日の記者会見で同様のことを述べていた。
>
> 　若山教授は毎日新聞の取材に修正を認めた上で、小保方（おぼかた）晴子・理化学研究所研究ユニットリーダー
> が作製したＳＴＡＰ細胞が、若山教授から提供されたマウスとは異なるマウスに由来するものだったとする会見で
> の説明の根幹部分に変更はないとした。一方で、修正内容を公表しなかったことについて「不確かな内容を発表す
> れば混乱を招くと判断した。詳細な事実が分かり次第、改めて報告する」としている。
>
> 　若山教授は先月の会見で、細胞を光らせる遺伝子を挿入した場所について、小保方氏に渡したマウスは１８番染
> 色体だったのに、ＳＴＡＰ細胞として戻ってきた細胞は１５番染色体だったと考えられるとの第三者機関による解
> 析結果を公表。若山教授は「僕の研究室から提供するマウスでは絶対にできない結果」と話していた。
>
> 　若山教授によると、その後、別の研究者からの指摘で挿入場所が１５番染色体とは限らないことが判明。ネイチ
> ャーに依頼し、論文撤回理由の該当箇所を修正したという。また、修正後の理由に「遺伝子を挿入した場所は、若
> 山研究室にあったマウスやＥＳ細胞と一致する」との記述があるが、「修正時に意図せずに残ってしまった文章」
> としている。【斎藤広子、須田桃子】

10 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:17:49.52 .net

【STAP細胞　元細胞の由来，論文と矛盾】
日経サイエンス【号外】2014年6月11日
>
> 理化学研究所の小保方晴子ユニットリーダーが作ったSTAP細胞の一部が，
> 論文に記したような新生児マウスの細胞から作ったものではないことが，理研の
> 内部資料から明らかになった。
>
> 小保方氏らが論文とともに公開した遺伝子データを新たな手法で解析したところ，
> STAP細胞に含まれるほぼすべての細胞が，8番染色体が3本ある「トリソミー」であることが判明。
>
> マウスの場合，8番トリソミーは胎児のうちに死亡し，生まれることはない。
> STAP細胞は新生児マウスから取って作ったのではなく，シャーレで培養された細胞
> だと考えられる。

全文は以下
http://www.nikkei-science.com/?p=42686
http://www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf

【ＳＴＡＰ 存在に新たな疑念】 (NHK 2014年6月3日)
>
> 横浜にある理化学研究所統合生命医科学研究センターの遠藤高帆上級研究員らのグループは、
> 研究所の論文の不正調査とは別に分析を独自に行い、報告書にまとめました。
>
> それによりますと、研究グループは小保方リーダーらが作製に成功したというＳＴＡＰ細胞を培養して
> 出来た細胞について、インターネット上に登録されている遺伝子のデータベースを使って詳しく分析し
> ました。その結果、この細胞は「Ｆ１」という種類のマウスから作ったとされていたのに、実際には、
> この実験には使われていないはずの「Ｂ６」と「ＣＤ１」という２種類のマウスの細胞だった疑いが強
> いことが分かったということです。

全文は以下
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
http://megalodon.jp/2014-0603-1948-49/www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html

11 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:18:24.13 .net

[日経サイエンス8月号まとめ(仮)]
http://www.nikkei-science.com/201408_054.html

8 番トリソミーや ES と TS の混ぜ混ぜ、若山氏の解析結果は既報のとおりなので省略すると、
重要な指摘は以下のとおり:

(STAP細胞のNGS解析について)
・NGS解析する細胞を取り違えた可能性は?
→ 解析は計4回 (SMARTer を 2 回、TruSeq を2回) 行われ、しかも1回ごとに新たなSTAP細胞を作ったとしており、
　 また SMARTer 同士、TruSeq 同士の解析結果は一致していることから、その可能性は考えにくい。
　 SMARTer の方には ES 細胞を使い、TruSeq の方には普通の体細胞を使ったと考えられる。

・SMARTer と TruSeq で細胞を使い分けた理由は?
→ SMARTer での実験は Letter の Extended Data Fig.6、TruSeq での実験は Letter の Fig.2i のために行われている。
　 前者は「STAP細胞がES細胞と近く、桑実胚や胚盤胞からは遠い」ことを示すために、
　 後者は「STAP細胞がマウス脾臓細胞と近く、ES細胞やSTAP幹細胞からは遠い」ことを示すために行われている。
　 それぞれの図を描くのに都合の良い細胞を使い分けたものと考えられる。

(竹市氏・笹井氏・理研上層部による隠蔽工作)
・若山先生とCDB内部の研究者らが 5 月末までに共同で作成した Letter の撤回理由書の草稿には
　先日の会見で若山氏が発表した解析結果が明記されていたが、
　竹市氏と笹井氏の反対により削除された。

・若山先生は解析結果をすぐに記者会見で公表する意向だったが、理研上層部は論文撤回まで待つよう要請した。

12 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:18:56.10 .net

【若山氏依頼の第三者機関 (放医研) の解析結果まとめ】http://mainichi.jp/graph/2014/06/16/20140616k0000e040170000c/002.html

STAP幹細胞の由来について
1. FLS x 8株 (129B6F1-GFP マウス由来, ただしCDBの解析によれば FLS-3 と FLS-4 は B6129F1?) [2012年1〜2月]
　→ 8株全て、GFP遺伝子の染色体挿入部位が第15番 (ただし、記者会見後の更なる解析によれば、別の遺伝子挿入の可能性もあり)
　→ 8株全て、GFP遺伝子がヘテロ
　つまり、若山氏が小保方氏に渡したマウスとは由来が異なる。
　しかも、『若山研に存在したことがない』マウス由来の可能性がある (若山研は15番染色体上にGFP遺伝子を持つマウスを利用したことは一度もない)
2. FLS-T x 2株 (129B6F1-GFP マウス由来。FLS の一年後に樹立) [2013年3月]
　→ 矛盾なし
3. AC129 x 2株 (129/Sv マウス由来) [2012年9月]
　→ 2株全て、129B6F1 マウス由来
　つまり、若山氏が小保方氏に渡したマウスとは由来が異なる
4. GLS x 2株 (Oct-GFP-B6 マウス由来) [時期不明]
　→ 矛盾なし?

コントロールの受精卵ES細胞の由来について
5. 5株 (129B6F1-GFP マウス由来) [2012年5月]
　→ 矛盾なし (GFP遺伝子は18番染色体にホモで挿入)


STAP幹細胞の性別について
1. FLS x 8株 (129B6F1-GFP マウス由来, ただしCDBの解析によれば FLS-3 と FLS-4 は B6129F1?)
　→ 全てオス
2. FLS-T x 2株 (129B6F1-GFP マウス由来。FLS の一年後に樹立)
　→ 全てオス
3. AC129 x 2株 (129/Sv マウス由来)
　→ 全てオス
4. GLS x 13株 (Oct-GFP-B6 マウス由来)
　→ 全てメス (ただし、CDBが行った2株の核型解析では、Y染色体の一部に欠失がみられるオス)

STAP細胞は数体のオスメス混合で作ったはずなので実験ごとに、性別が揃うのは不自然

13 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:19:33.14 .net

【笹井氏、若山氏依頼の第三者機関の解析結果・kaho 氏の解析結果を無意味・無価値などと侮辱か】

若山照彦教授記者会見(6/16)より
http://www.youtube.com/watch?v=4kAGUdkH3pY#t=7876

テレビ朝日「今回の解析結果を共著者の方に報告されているようですけれども、小保方さん以外
の共著者の方から何か反応というのはあったのでしょうか」

若山先生「特にこの第三者機関の結果、例えば第三者機関の結果は、僕の部屋のマウスではない
ということが分かっただけで、何か結論が言えるわけじゃないじゃないかということで、価値が
ないというふうに言われたり、それから、性別についても、偶然そういうことは起こりうるだろ
うということで、それも意味が無い、あと遠藤さんの報告なども紹介したんですが、僕が出した
データではないのでそんなことを著者にいっても意味が無いっていうようなことで、そういうよ
うな返事が返ってきてるだけです。」

テレビ朝日「それはどなたからどういう内容がそれぞれ返ってきたんでしょうか?」
若山先生「あの………理研の………先生方からです」

テレビ朝日「笹井さんと丹羽さん?」
若山先生「丹羽さんは…あの…そんなことは言っていなかったと思いますけれども」

14 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:20:04.67 .net

[STAP細胞が胎盤にも胎児にもなるという記載の変遷]
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397978711/677

2012/04/24　米国に仮特許出願US 61/637,631（以下「出願A」という）を行う
　　　　　　　　http://www1.axfc.net/u/3227005.pdf (← テキスト検索可能)
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022851022.pdf
2012/12-01　★ここで笹井氏がプロジェクトに参加
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1401184889/13
2013/03/13　米国に仮特許出願US 61/779,533（以下「出願B」という）を行う
　　　　　　　　http://www1.axfc.net/u/3227009.pdf (← テキスト検索可能)
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022881386.pdf

　↑ここまで「STAP細胞が胎児にも胎盤にもなる」という記述はなく、
　↓ではじめて登場する(パラグラフ[0040]など)。さらに、笹井氏が発明者として追加されている。

2013/04/24　出願A,Bを優先権の基礎として、国際特許出願PCT/US2013/037996（以下「出願C」という）を行う。
　　　　　　　　http://www.google.co.jp/patents/WO2013163296A1
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022883817.pdf
2013/10/31　出願Cが、公開番号WO2013163296として公開される

[特許出願書類中の記載事項の比較]
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1399735731/11

「胎児にも胎盤にもなる」 …… 出願C以降
「光る胎児と胎盤の画像」 …… 出願A・B・Cには含まれず (Letter が初出?)
「STAP幹細胞」 …… 出願C以降? (ただし、STAP細胞の培養についての記述は出願A・Bにもあり?)
「FI幹細胞」 …… 出願C以降?
「STAP幹細胞120日実験」 …… 出願C以降
「メスのSTAP幹細胞」 …… 出願A・B・Cには含まれず (Article が初出?)
「TCR再構成の確認」 …… 出願B以降 (Science 投稿論文が初出?)
「EpiSCとの比較実験」 …… 出願B以降
「博論からの画像流用」 …… 出願Aのみ (B・Cには含まれず、Article で復活。出願Aの時点で既に弱酸刺激処理の結果として不正流用)

15 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:20:37.24 .net

【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2012年12月〜2013年04月】

[2012年12月21日] 小保方氏の採用面接に参加
[2012年12月28日] 笹井版 Article 論文の叩き台作成 (8月にScienceに却下された論文を小保方氏が12月に改訂した物)
[2012年12月??日〜] 小保方氏と共に Letter 論文の執筆開始 (小保方氏が若山研時代に得たデータを基に執筆) STAP細胞の胎盤への寄与等が初めて記載される?
[2013年01月??日] 丹羽氏の質問によりSTAP-SCでTCR再構成が無いことが判明。なお笹井氏はこれ以前に何故かその事実を把握済み。
[2013年01〜03月] 笹井研で小保方氏が撮影したライブイメージング画像を確認。また、小保方氏作製のSTAP細胞の in vitro での分化実験を笹井研室員が確認
[2013年03月01日] 小保方氏が CDB にユニットリーダーとして着任。以降、小保方ラボの立ち上げまで笹井研に間借り
[2013年03月10日] 笹井版 Nature 論文二編を投稿 (以降採録まで改訂・追加実験を繰返す)
[2013年04月24日] 発明者の一人として国際特許出願を行う。
　それまでに出願済みの2本の米国仮特許出願との相違点は
　1. 笹井氏が発明者として加わっている
　2. STAP細胞が胎児にも胎盤にもなるという主張を追加
　3. STAP-SC・FI-SCの記述を追加、等

16 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:21:09.83 .net

【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2013年5月〜現在】

[2013年05〜09月?] 小保方氏が次世代シーケンサーによる解析を行う
　この解析データについては kaho 氏や複数の大学の研究チームによって疑義・不正が指摘されている。
[2013年08月??日] 若山氏から「責任著者から外して欲しい」との申し出を受けたがこれを慰留
[2013年10月??日] 小保方ラボ工事完了・立ち上げ
[2013年12月20日] 笹井版 Nature 論文二編の採録決定。上述の国際特許出願との相違点は
　1. 光る胎児と胎盤の画像
　2. メスのSTAP-SC
　3. 実験条件の異なる博士論文からの画像の不正流用、等
　光る胎児と胎盤の画像については、不可解な画像の誤用、また画像修正等の不正の可能性も指摘されている。
　そもそも光る胎盤の実物を確認した人はいない可能性もある。
[2014年01月28日] STAP細胞について記者発表
　「非常に説得力のあるデータが1個1個ある。でもちゃんと裏取りがされている。これは作ったような話ではできるものではない」等と発言
[2014年02月18日] 小保方氏から、博士論文からの画像流用を伝えられ、正しい実験結果との差し替えではなく、なぜか画像の撮り直しを指示
[2014年02月下旬] CDB所内の懇親会で「一緒に (STAP細胞研究を) やろう」と研究仲間に声をかける
[2014年03〜06月] kaho 氏や若山先生が依頼した第三者機関の解析結果を伝えられ「そんなもの意味は無い」と罵倒
　若山氏らが作成した Letter 論文の撤回理由書草稿から若山氏以来の第三者機関の解析結果を削除するよう竹市氏とともに要求

17 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:21:44.81 .net

【STAP細胞の胎盤寄与・STAP幹細胞・FI幹細胞の時系列】

2011年11月頃
　小保方氏・若山氏、STAP細胞の樹立、キメラマウスの作製に成功
　若山氏、STAP幹細胞 (STAP細胞の培養手法?) の樹立に成功
2012年4月24日
　米国仮特許出願 (US61/637,631)、STAP細胞の胎盤寄与、STAP/FI幹細胞に関する記述なし (ただし、STAP細胞の培養に関する言及あり?)
2012年06月頃
　[自己点検報告書によれば]
　　小保方氏、STAP細胞から胎盤形成に寄与する幹細胞 (FI-SCか?) を樹立する研究に取り組む
　　(ただし、実際にいつ樹立に成功したかは不明。
　　 また、STAP細胞が胎盤に寄与するかどうかの研究がいつ行われたかも不明)
　[自己点検委員長の記者会見での回答によれば]
　　STAP細胞の胎盤への寄与の確認およびFI幹細胞の樹立 (誰によって行われたか不明)
2012年06月〜12月
　誰かがSTAP細胞で「胎盤が光る」と言い出し、小保方氏・または研究員同席のもとで写真撮影。
　ただし、ES細胞でも胎盤は光っていた。小保方氏が胎盤の切片を作成し、若山氏に「確かに胎盤は光っていた」と報告。若山氏は実物も画像も確認せず。
2012年12月頃
　笹井氏、研究プロジェクトに参画
2012年12月〜13年03月10日
　笹井氏・小保方氏、若山研時代のデータを基にSTAP細胞が胎盤にも寄与するという Letter 論文を執筆・投稿
2013年03月13日
　米国仮特許出願 (US 61/779,533)、STAP細胞の胎盤寄与、STAP/FI幹細胞に関する記述なし (ただし、STAP細胞の培養に関する言及あり?)
2013年04月
　国際特許出願 (PCT/US2013/037996)、STAP細胞の胎盤寄与、STAP幹細胞、FI幹細胞等に関する記述追加
2013年05〜09月
　STAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞等をNGS解析にかける (→ 後にkaho氏らによって疑義が指摘される)
2013年12月
　Nature Article & Letter 論文採録決定、光る胎盤の画像、メスのSTAP幹細胞等に関する記述追加

18 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:22:18.06 .net

■時系列の仮説

最初は本当に酸に付けて死んだ細胞を若山氏に渡す → 失敗が続く (2011年4月〜?)
↓
あるときから (若山氏がインジェクション方法を変えた時から?)
ES細胞を偽って渡す → 成功 (胎仔が光る) (2011年11月)
(※最初からESを渡し続けていて、たまたま手法変更で成功した可能性もあり)
↓
最初の米国仮特許出願 (Nature 初稿投稿相当)
このときは「胎盤も胎仔も光る」という記載・画像は一切なし (2012年4月)
↓
誰かがSTAP細胞で「胎盤が光る」と言い出し、小保方氏・または研究員同席のもとで写真撮影。
ただし、ES細胞でも胎盤は光っていた。
↓
小保方氏が胎盤の切片を作成し、若山氏に「確かに胎盤は光っていた」と報告。
ただし若山氏は実物も画像も確認せず。
↓
「STAP細胞が胎盤に寄与する」ことが国際特許出願・Nature 投稿論文に記載されるようになる (2013年4月)
↓
Nature からの査読コメントで、STAP細胞のNGS解析を要求される? (2013年4〜5月?)
↓
ES+TS を混ぜ混ぜしてNGS解析 (しかも SMARTer の方だけ混ぜ混ぜ。TruSeq の方は普通の体細胞) に出す (2013年5〜8月)
↓
NGS解析のデータを(一部)登録する (2013年11月)
↓
Nature 採録かくにん! よかった (2013年12月)

19 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:22:56.93 .net

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/5
[理研 & CDB有志が調査すべきSTAP論文疑惑(の一部)]

　・緑蛍光を確認するためのネガコン画像に赤フィルターというハイセンス実験
　・FACSの測定条件がバラバラなため何を比較して良いか分からないのに、論文を仕上げた努力
　・CD45+細胞でGLが見えない大発見
　・バイサルファイトの図にパワーポイントか何かでわざわざ上書きする努力家の小保方氏
　・数々の多能性マーカーをqPCRで調べたら、どれも発現量が同程度という新発見
　・テラトーマを正常組織にまで育て上げた小保方氏の手腕
　・細胞の増殖グラフが山中教授の論文と瓜二つ。ESとSTAP-SCの測定間隔をずらすことで独自性をアピール
　・ES細胞由来キメラで、胎盤内の血管組織などの中胚葉系細胞にさえES細胞が寄与しなかったという超常現象
　・露光時間を変えても胎盤の輝度が全く変化しない不可思議カメラ
　・大気下にて塩酸で調整した緩衝液（重曹系）をCO2インキュベーターに放り込む画期的pH調整法
　・胎盤にひっついた母体由来の脱落膜にまで寄与するスーパー幹細胞 FI-SC
　・細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず、8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃないエクストリームFACS
　・死んで破裂した細胞がマクロファージに喰われていく様を脱分化と言い張る偏屈さ
　・トランスクリプトーム解析するごとに発現量が大きく変わるのになぜか一つの解析内では安定している謎細胞STAP
　・CNV解析するとES細胞そっくり、というかES細胞とほぼ完全に一致する仮面細胞 STAP-SC

20 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:23:31.09 .net

[小保方氏、捏造がバレそうになってヒトでのSTAP細胞捏造に着手!?]

調査委員会の立ち上げ直後からヒト関連の細胞・培地等を立て続けに発注
↓
https://twitter.com/keikuma/status/475479637200343040
の予算差引明細表より:
起案日　　 摘要
2014.02.18 Human Melanocyte Growth Supplement(HMGS)
2014.02.26 Cell System-Fb Cells
2014.03.05 HUMEC READY MEDIUM
2014.03.07 PROTEOEXTRACT(R) SUBCELLULAR PROTEOME EXTRACTION KIT
2014.03.07 Human Melanocyte Growth Supplement(HMGS)

なお、D論からの画像不正流用発覚 (3月9日) とともにストップした模様。

21 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/14(月) 15:24:17.69 .net

【ポエム新作: CDB検証実験 (再捏造疑惑?) について】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1403191068/885
885 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/06/20(金) 11:06:42.39
　　どうして誰も五郎左さんを助けてあげないの？労災まっしぐらよ。
　　一番最初に白旗あげたしHPで手品ヒント公開したから罰ゲームなんて
　　ひどすぎる。
　　TCR、BCRリアレンジ万能細胞といえばiPSしかないけどさすがにこれは
　　ばれちゃうでしょ。だから一生懸命組織特異的デリーション酢風呂万
　　能細胞アイデアひねり出したわけ。マウス捌く振りしてほんとは受精卵
　　回収ES樹立中。組織特異的CreをONにしてエア記憶をESに植えつけるなん
　　て朝飯前。そろそろ朝飯だからシンデレラ食べにおいでと招待。
　　五郎左才能の超無駄遣い。
　　大丈夫、労災仕立てで壊れて再起不能になるよってシナリオありがとうね、
　　もう彼女だもん。

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1403250955/356
356 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/06/20(金) 19:32:57.80
　　TCR厨にとうとうタスクちゃんがきちゃいましたが、まだまだ話がススムの遅いですね。
　　カートゥニストさんも夢の若返りTCRiPSバシバシ作っったり、新漫画出版してますが
　　そろそろ、モロダシちゃんで遊んでみます？
　　チャンピン亀さん最近お疲れですね。
　　では、学生さんにエクストリームイムノノジー試験です。
　　欲しいものはリアレンジ持ったES細胞です。
　　バンドAIDじゃタスくるのはむりっぽですがRagで何とかなりませんか？
　　ええ、何かダメージ入れつつサイトスペシフィックにDSB修理したいんです。
　　そんな夢の体細胞ランダムリコンビネーション、モロダシまってます。