STAP細胞の懐疑点 出張所

1 ：オーバーテクナナシー：2014/03/11(火) 21:50:56.98 ID:OgGJuaxl.net

疑問点・矛盾点を挙げつつ建設的な議論を心がけていきましょう。
捏造・擁護煽り、レスの無駄遣いコピペ、中傷は厳禁。

前スレ
STAP細胞の懐疑点 PART82
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1394537189/

221 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:39:16.89 ID:ho5ESkYP.net

□参考リンク
11jigenまとめ　http://stapcells.blogspot.jp
Knoepfler Lab Stem Cell Blog　http://www.ipscell.com/
kahoの日記: STAP細胞の非実在について＃1-5　http://slashdot.jp/~kaho/journal

◯小保方論文コピペ疑惑画像詰め合わせ◯
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/13
最後にもう一度TCR、慶應大学吉村研究室
http://new.immunoreg.jp/uploads/fckeditor/uid000001_20140402123124dc82d952.jpg
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
分子生物学会理事長声明 、『STAP細胞論文等への対応について』『再要望』
http://www.mbsj.jp/admins/statement/20140303_seimei.pdf
http://www.mbsj.jp/admins/statement/20140311_seimei.pdf

日本学術会議会長談話　STAP細胞をめぐる調査・検証の在り方について
http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-d6.pdf
理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿
http://www.wiley.co.jp/blog/pse/?p=14657

STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント(目次)
http://blog.fujioizumi.verse.jp/?eid=247
小保方他(2014a)の日本語解説(by md345797氏)
http://syodokukai.exblog.jp/20313842/
小保方他(2014b)の日本語解説(by md345797氏)
http://syodokukai.exblog.jp/20326345/
□兄弟スレ
STAP細胞（未来技術板：ID表示）　http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394192207/
STAP細胞の懐疑点 出張所　http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/
STAP細胞質問スレ PART3　http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397222947/
□謎の予言：ムーミン谷のオホホポエム(時系列・暫定版・4.19修正版)
http://www.poverty.jeez.jp/ura/img/kenmou01318.txt

222 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:39:59.54 ID:ho5ESkYP.net

★STAP細胞の懐疑点の議論まとめ・資料集リスト
(疑惑が多岐に渡るので原文は以下を参照)

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397608621/2-14

・理研会見とオボ会見動画URL
・STAP論文疑義調査最終報告まとめ
・キメラマウスの二重のトリック
・キメラマウスの不正実験疑惑・ネイチャー論文 LETTER 【Fig.1 】
・オボと若山先生のマウスに関する考察
・笹井氏の主張予想
・ネイチャー質疑応答　Contributions
・STAP=死亡細胞を食べたマクロファージ説
・自家蛍光してる細胞をマクロファージが食べてる動画紹介
・マクロファージ動画の再生速度遅くする見方説明

223 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:40:53.41 ID:ho5ESkYP.net

[理研 & CDBが調査すべきSTAP論文疑惑(の一部)]

　・緑蛍光を確認するためのネガコン画像に赤フィルターというハイセンス実験
　・FACSの測定条件がバラバラなため何を比較して良いか分からないのに、論文を仕上げた努力
　・CD45+細胞でGLが見えない大発見
　・バイサルファイトの図にパワーポイントか何かでわざわざ上書きする努力家の小保方氏
　・数々の多能性マーカーをqPCRで調べたら、どれも発現量が同程度という新発見
　・テラトーマを正常組織にまで育て上げた小保方氏の手腕
　・細胞の増殖グラフが山中教授の論文と瓜二つ。ESとSTAP-SCの測定間隔をずらすことで独自性をアピール
　・ES細胞由来キメラで、胎盤内の血管組織などの中胚葉系細胞にさえES細胞が寄与しなかったという超常現象
　・露光時間を変えても胎盤の輝度が全く変化しない不可思議カメラ
　・大気下にて塩酸で調整した緩衝液（重曹系）をCO2インキュベーターに放り込む画期的pH調整法
　・胎盤にひっついた母体由来の脱落膜にまで寄与するスーパー幹細胞 FI-SC
　・細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず、8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃないエクストリームFACS
　・死んで破裂した細胞がマクロファージに喰われていく様を脱分化と言い張る偏屈さ
　・トランスクリプトーム解析するごとに発現量が大きく変わるのになぜか一つの解析内では安定している謎細胞STAP
　・CNV解析するとES細胞そっくり、というかES細胞とほぼ完全に一致する仮面細胞 STAP-SC

224 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:41:41.17 ID:ho5ESkYP.net

[笹井氏の会見に対する反応]

2ch 生物板での反応:
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397706278/28
　「昨日の笹井氏の会見は全くまともな反論になっていない。ただのこけおどし。 」

岸輝雄・ 東京大名誉教授・理研「研究不正再発防止のための改革委員会」委員長の反応:
http://www.nikkei.com/article/DGXNASDG1803S_Y4A410C1CR8000/
　　笹井芳樹氏の責任について「（理研の小保方晴子氏と）同等の責任を持つべきだ」
　　と批判した。改革委は理研に対し、共著者の責任を明確にするよう求めていく方針。
　　…
　　実験ノートを見ていないと発言したことに関し「一緒に出したことが大事で、ある
　　部分は知ってるが、ある部分は知らないということは普通はあり得ないだろうと思
　　う」と苦言を呈した。

大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長のコメント:
http://nosumi.exblog.jp/20586616/
　「以上のような可能性を総合的に判断すると、
　　「STAP細胞が無くても十分説明できる現象である」と考えられます。」

吉村昭彦・慶応義塾大学教授のコメント:
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
　「現在のところキメラや幹細胞でTCR再構成もBCR再構成も見つかっていないので
　　STAP現象があるという積極的な根拠はなく、むしろ『ない』と考えたほう常識的である。」

著者らの公表したゲノムデータを解析し、疑義を指摘した kaho 氏のコメント:
http://slashdot.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602
　「作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
　　そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．
　　「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながらその性質は日々変わることになりますから．」

225 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:42:28.44 ID:ho5ESkYP.net

大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長に寄せられたメールの一部:
http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/

「ESキメラとSTAPキメラは作製法が異なっていたことがそのまま答えになる」と思うに至りました。
つまり
（１）ES細胞をsingle cellにばらしてblastcystにinjectionすると胎児のみに寄与する
　　　（注：胎盤中央部は胎児由来なのでGFP陽性になります。ここで「胎児のみに寄与する」とは
　　　「胎盤全体がGFP陽性にはなるわけではない」という意味です）、
（２）ES細胞塊を小塊に切り分けてblastcystにinjectionすると胎児と胎盤の両方に寄与する、
ということではないかと考えてみました。残念ながら（２）に相当する実験を行った文献は見つかり
ませんでしたが、「8-cell embryoとES細胞塊とを融合させる」という形でのキメラマウス作製
を行っている文献が見つかりました（添付）。これは、ES細胞を「細胞塊として取り扱う」（single
cellにしない）という意味においては（２）に限りなく近い状況を再現していると考えられると思
います。驚くことに、Fig. 2J, 2KではTrophectodermにES細胞が取り込まれています。これ
は「invivoで作製されたiPS細胞はtotipotentである」というHannaらの論文（Nature 502
340-345, 2013）のFig. 4f によく似ています。なお添付文献のtext中には「積極的にtrophectoderm
に寄与したのではないかもしれない」という遠慮深い表現もありますが、Fig. 5Hでは胎盤（しか
も胎盤外縁部まで）が明らかにGFP陽性となっており、textにもそのように記載されています（黄
色でハイライトしました。なおここでFig. 5Gと書かれているのはFig. 5Hの誤りと思われます）。

つまり、ES細胞を「塊のまま」使ってキメラマウスを作製すれば胎児と胎盤の両方にコミットする、
と考えられるのではないかと思いました。そして、笹井氏の「胎児と胎盤に寄与できる既知の多能性
細胞はない」という主張は誤りであると思いました。即ち「STAP細胞の存在を仮定しなければ説明
ができない現象がある」のではなく、kahoさんの解析を基づいて考察すれば「ES細胞であったとし
なければ説明ができない現象がある」と言うべきと思われます。

226 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:43:07.09 ID:ho5ESkYP.net

大隅ブログhttp://nosumi.exblog.jp/20586616/ コメント欄より
Commented by LiveCell at 2014-04-18 08:41

ライブセルイメージングの開発を行っている者です。
話題になっているので、イメージを見てみました。
セティングはx１０オブジェクティブ、DICイメージの質が悪いのでおそらくプラスティックボトルかディッシュ、自動焦点機能を使用、といったところでしょう。
興味深いのは蛍光非発現の細胞が減っていること。
細胞死によるのであれば、死んだ細胞のカスが残りますが（DICでは白く光って見える）、きれいに無くなっているので何かによって処理されていると考えられます。
この系ではおそらくマクロフェージの類だと思います。

では、マクロフェージであればイメージ中に見えているはずですが、最初の方のイメージ中にはありません。
これは自動焦点機能によるマジックでしょう。
たぶん、輪郭抽出による自動焦点機能が使われていると思いますが、この場合、焦点はディシュ表面ではなく、丈のある物体（イメージでは球形の細胞）の方に当たります。
マクロフェージのようなディシュ表面にべたっと付くタイプの細胞はこの条件では見にくいはずです。
後半に行くに従い、激しく動く細胞が見えだしますが、これは球形の細胞が減ったため、自動焦点がディシュ表面に移動し、見え始めたと思われます。
もし、この激しく動く細胞がSTAP細胞であれば、蛍光発現細胞に由来するはずですが、このイメージング条件ではディシュ表面に居る細胞が分からないので何とも言えません。
が、マクロフェージに補食されたと考えた方が合理的なように思います。

焦点をディシュ表面に固定化するかz−スタックを取ってイメージングすれば答えは簡単にでます。
おそらく、蛍光発現細胞がマクロフェージに補食されたイメージが取れると思います。
また、理研のhttps://www.youtube.com/watch?v=lVNbwzM2dI0&feature=youtu.be&app=desktopを見てみましたが、細胞がクシュとなるきれいな細胞死の一つのパターンのように見えます。
個人的にはこのような細胞（おそらく死細胞）からマウスが発生するとは思えません。

227 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/12(土) 19:44:18.77 ID:ho5ESkYP.net

おいらも日経サイエンス6月号買ってきた。結構よくまとまってるから皆も買うと良いと思う。
http://www.nikkei-science.com/page/magazine/201406.html

記事の内容を自分なりにまとめると、
(1) STAP幹細胞はES細胞だとすれば辻褄が合う。
(2)『胎児と胎盤が同時に光った』が事実だと、STAP細胞=ES細胞だと説明がつかない。
(3) でも本当に『胎児と胎盤が同時に光った』か疑問

(2) についてはノスミンブログのコメント (>>16 http://jump.2ch.net/?nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/)
にもあるので実は「STAP細胞=ES細胞」でも説明が付く可能性もある。
(3) についてはいよいよ怪しくて、以下の様に書かれている (以下一部引用):

> 若山氏は，胎児と胎盤が両方とも緑色に光るのを見たとしている。
> ただ胎児の血管や血液細胞は胎盤にも入り込む。こうした血管や
> 血液細胞が光っていたのであれば，「胎盤が光った」とはいえな
> い。「私は胎盤に関しては専門外なので，この問題を小保方さん
> に指摘した」と若山氏は言う。小保方氏は切片の標本を作り，胎
> 盤にしかない組織であることを確認したと若山氏に説明したとい
> う。「それで納得してしまった」。

ちなみに丹羽氏は切片標本しか見ていないっぽい。
胎児と胎盤が同時に光るのを直接は確認してなさそう。

「同時に光った」がウソであれば (2) を考える必要もなく、
実験ごとに細胞を使い分けるだけで容易に捏造可能なはず
(同様のことが記事でも指摘されている)。

228 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/13(日) 10:46:11.14 ID:RTyA7NFm.net

STAP細胞の懐疑点 PART528 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405160118/
STAP細胞の懐疑点 PART527 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405114499/
STAP細胞の懐疑点 PART526 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405073333
STAP細胞の懐疑点 PART525 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405031915/
STAP細胞の懐疑点 PART524 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404987492/
STAP細胞の懐疑点 PART523 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404938628/
STAP細胞の懐疑点 PART522 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404893437/
STAP細胞の懐疑点 PART521 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404875525/
STAP細胞の懐疑点 PART520 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404817930/
STAP細胞の懐疑点 PART519 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404797481/
STAP細胞の懐疑点 PART518 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404745316/
STAP細胞の懐疑点 PART517 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404741718/
STAP細胞の懐疑点 PART516 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404720968/
STAP細胞の懐疑点 PART515 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404702127/
STAP細胞の懐疑点 PART514 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404690741/
STAP細胞の懐疑点 PART513 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404638926/
STAP細胞の懐疑点 PART512 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404617153/
STAP細胞の懐疑点 PART511 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404571602/
STAP細胞の懐疑点 PART510 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404550979/
STAP細胞の懐疑点 PART509 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404534015/
STAP細胞の懐疑点 PART508 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404520207/
STAP細胞の懐疑点 PART507 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404491627/
STAP細胞の懐疑点 PART506 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404474781/
STAP細胞の懐疑点 PART505 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404454409/

229 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/13(日) 10:47:37.87 ID:RTyA7NFm.net

STAP細胞の懐疑点 PART504 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404435343/
STAP細胞の懐疑点 PART503 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404398149/
STAP細胞の懐疑点 PART502 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404374245/
STAP細胞の懐疑点 PART501 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404350444/
STAP細胞の懐疑点 PART500 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404330618/
STAP細胞の懐疑点 PART499 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404307058/
STAP細胞の懐疑点 PART498 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404295524/
STAP細胞の懐疑点 PART497 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404289052/
STAP細胞の懐疑点 PART496 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404278452/
STAP細胞の懐疑点 PART495 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404263785/
STAP細胞の懐疑点 PART494 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404230040/
STAP細胞の懐疑点 PART493 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404216873/
STAP細胞の懐疑点 PART492 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404198627/
STAP細胞の懐疑点 PART491 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404184031/
STAP細胞の懐疑点 PART1〜490 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/217

230 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/18(金) 10:09:29.74 ID:yUHND5fW.net

STAP細胞の懐疑点 PART541http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405640072/
STAP細胞の懐疑点 PART540 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405606696/
STAP細胞の懐疑点 PART539 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405602566/
STAP細胞の懐疑点 PART538 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405595798/
STAP細胞の懐疑点 PART537 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405587306/
STAP細胞の懐疑点 PART536 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405582080/
STAP細胞の懐疑点 PART535 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405526508/
STAP細胞の懐疑点 PART534 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405466447/
STAP細胞の懐疑点 PART533 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405429916/
STAP細胞の懐疑点 PART532 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405375603/
STAP細胞の懐疑点 PART531 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405317764/
STAP細胞の懐疑点 PART530 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405229656/
STAP細胞の懐疑点 PART529 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405226258/
STAP細胞の懐疑点 PART528 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405160118/
STAP細胞の懐疑点 PART527 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405114499/
STAP細胞の懐疑点 PART526 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405073333
STAP細胞の懐疑点 PART525 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405031915/
STAP細胞の懐疑点 PART524 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404987492/
STAP細胞の懐疑点 PART523 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404938628/
STAP細胞の懐疑点 PART522 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404893437/
STAP細胞の懐疑点 PART521 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404875525/
STAP細胞の懐疑点 PART520 http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1404817930/